1神经系统发育缺陷：先天性腰骶部脊膜膨出或脊椎裂可伴肛门失禁。病人外括约肌和耻骨直肠肌失去正常神经支配，失禁无收缩功能，回事处于弛缓状态。小孩且由于感觉和运动系统均受影响，大便直肠黏膜在粪便充盈时缺乏膨胀感，失禁不能引起便意及发动排便动作，直肠内粪便随时排出。此种病儿往往伴有尿失禁。
2肛门直肠畸形：肛门直肠畸形，特别是高位畸形伴有骶骨畸形，致神经功能缺陷者也不少见，据Jiehioiiikhh分析，术后肛门失禁者约10%属此原因。中、低位畸形术后的肛门失禁，主要原因为手术损伤、感染等因素。如泄殖腔畸形，主要为女婴的直肠肛管、尿道、阴道共合一穴，以及高位无肛婴儿术后常有大便失禁。先天性痴呆、脑脊膜膨出、多发性硬皮病等均可发生大便失禁。
3.外伤：由于外伤损伤了肛管直肠环，使括约肌失去了括约功能而至大便失禁。如刺伤、割伤、灼伤、冻伤及撕裂伤(主要为产妇分娩时的会阴撕裂)，以及肛管直肠手术的损伤，如肛瘘、痔、直肠脱垂、直肠癌等手术损伤了肛门括约肌致大便失禁。
除了上述原因以外，有的孩子还因为有脑部出现了神经系统的病变，这样让控制大便的神经受到损伤，就会出现大便失禁的情况的;还有的孩子是因为肛肠处有问题，比如肛肠闭锁不全，肛门松弛等，这样就会控制不住大便的。